Nuestra Facultad mantiene estrechas y tradicionales relaciones con la Archidiócesis de Granada y con la Diócesis de Guadix, que tienen sus seminarios en la ciudad y envían sus alumnos al primer ciclo de estudios a nuestro centro. Por esta razón el Arzobispo de Granada y el Obispo de Guadix pertenecen al Consejo Supremo de Dirección.

Está Agregado a la Facultad el Centro de Estudios Teológicos de Sevilla, Afiliados los Seminarios Diocesanos de Almería, Cádiz y Ceuta, Jaén y Málaga, y como Centro Colaborador el Instituto Superior de Ciencias Religiosas “San Pablo” de Málaga . A dichas Diócesis la Facultad  les otorga el grado académico de «Licenciado en Estudios Eclesiásticos » (Bachillerato en Teología), además de  la Diplomatura y Licenciatura en Ciencias Religiosas en el Instituto “San Pablo” de Málaga.

Otras Instituciones que también colaboran con La Facultad son: el Centro Universitario “Francisco Suárez”, el Centro de Cultura Audiovisual de Granada; la Asociación de Amigos de la Facultad de Teología, el Centro de Estudios Pastorales S. Torcuatro (CETEP) y la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales de Córdoba, ETEA, Institución Universitaria de la Compañía de Jesús.

Son de subrayar las buenas relaciones con la Universidad de Granada, en virtud de los acuerdos ya mencionados de 1971 que en los años sucesivos se han desarrollado muy satisfactoriamente en diversos puntos, especialmente con el Vicerrectorado de Extensión Cultural.

Baste este breve recuerdo que ayuda a definir la vocación de servicio a la Iglesia y a la sociedad de nuestra Facultad.