Comisión de Centros Agregados, Afiliados y Colaboradores Presidente: el Rector. Miembros: Carmelo Granado Bellido y José Luis Sánchez Nogales.
Comisión de Investigación Pedro Castón Boyer (Centro de Estudios de Tradiciones Religiosas Andaluzas). Francisco Javier Martínez Medina (Centro de Investigación y Estudio del Patrimonio Cultural de la Iglesia). Estanislao Olivares D’Angelo (Centro de Estudios Postridentinos). José Luis Sánchez Nogales (Centro de Relaciones Interreligiosas).
Comisión de publicaciones Antonio M. Navas Gutiérrez (Archivo Teológico Granadino y Biblioteca Teológica Granadina). DiePablo Ruiz Lozano (Proyección). Miren Junkal Guevara Llaguno (Trimestre).
Comisión de Licenciatura y Doctorado Director: el Vicerrector. Consultores: los Directores de los Departamentos.
Comisión del Primer Ciclo Director: el Vicerrector. Consultores: los Directores de los Departamentos